虽然大多数囊肿是由内分泌紊乱引起，属于生理性良性病变，但囊肿穿刺有一定风险，容易导致局部出血难以控制，而形成血肿，所以一般在取卵过程中是不会将囊肿和卵泡一同穿刺取出，另外生理性囊肿通常较小可以先用药观察治疗，暂时不用进行手术治疗，也不会影响取卵手术，所以不用过于担心，女性在此期间因养成良好的生活作息时间，多吃水果蔬菜，忌口辛辣油腻生冷刺激性食物，多运动。
而对于囊肿非常大，且生长迅速的病理性囊肿，先把所有的囊肿拿掉之后才能正常进行取卵，否则不利于卵泡发育以及取卵手术操作，另外取卵过程中如果患者要求把病理性囊肿同卵泡一起穿刺取出，可能会造成患者在穿刺过程当中有可能会导致囊肿破裂，影响医生取卵操作，对患者的身体也会产生巨大的负担。
取卵时能不能顺便把囊肿取了
正常情况下，取卵时一般都不会顺便把囊肿取了，因为取卵通常在B超引导下使用穿刺针，穿刺针穿过穹隆，到达卵巢中卵泡成熟部位进行穿刺，抽吸卵泡，如果这个时候顺便把囊肿穿刺了，在一定程度上可能会影响污染剩余的卵细胞，导致卵子质量变差，影响后续胚胎移植的成功率，所以为了避免风险体积较大的囊肿通常会在取卵之前抽取，对于直径在5cm以下的囊肿，医生通常也会在取卵时避开穿刺，避免出现异常情况，但这些囊肿一般不会引起体内激素水平的大幅度紊乱，而且这些囊肿很大概率不会长期存在，后面可能会自行消失。
